两者在申请人、受理机关、救济程序上有所不同。商标异议程序可以由任何人提起向商标局提起，对异议结果不服只能向商标评审委员会提出复审请求。异议复审程序则只能由不服商标异议裁定的一方向商标评审委员会提起，对复审结果不服，可以向人民法院起诉。

2001年(商标法)修改以前，商标异议复审程序是作为商标异议程序的救济程序出现的，它本身是终局裁定。2002年商标法修改之后，商标异议复审程序本身也有了司法救济程序，对于其结果不服的，可以向人民法院起诉要求司法救济。这样一来，异议复审程序和异议程序在功能上就出现了重复，使整个商标注册程序变得烦琐起来，严重影响了商标注册的效率。

一个商标如果从申请注册开始，到初审公告大概需要九个月.初审公告期有三个月，而商标异议程序和异议复审程序各自需要大概一年到一年半的时间，而一审和二审至少需要6个月的时间。这样的话，不算相关文书的送达时间和各种诉讼时效期间，一个商标要走完这所有的程序.就需要至少三年半的时间。实际上，商标从申请到最终取得商标注册，花费五到六年的情况屡见不鲜。

在《商标法》引入司法救济制度的情况下，商标异议复审和商标异议程序的功能出现了重叠，影响了商标审查的效率。据悉，在目前正在进行的《商标法》新一轮的修订电可能会将两个程序合二为一。